Os laboratórios integrados seguem procedimentos operacionais padrões para todas as suas rotinas, incluindo programas de controle interno de qualidade.
O Laboratório de Imunologia do Instituto de Ciências da Saúde têm controle de qualidade externo do Programa de Excelência para Laboratórios Clínicos da Sociedade Brasileira de Patologia Clínica (PELM – SBPC).
O Laboratório Central do HUPES e os Laboratórios de Análises Clínicas da Faculdade de Farmácia tem controle de qualidade externo do Programa Nacional de Controle de Qualidade da Sociedade Brasileira de Análises Clínicas (PNCQ – SBAC).